1.分子量差異：殼聚糖是殼聚糖經特殊生物酶技術處理而成的新產品，分子量為3萬Da下面；殼聚糖是甲殼素部分脫乙酰基的產物，分子量為50-100萬。

2.溶解性差異：殼聚糖分子量低，可完全溶于水；殼聚糖只能溶于稀酸溶液。水溶性的增強是影響殼聚糖生理活性的一些重要因素。只有溶于水，才能被生物吸收和利用，表現出生物活性，因此殼聚糖更容易被人體、動植物吸收。

3.功能性區別：分子量在2000以下的殼寡糖展現出獨特的生理活性和功能：提高巨噬細胞的功能；抑制腫瘤細胞的生長和轉移；降低膽固醇和血脂；抗菌、抑菌和顯著的保濕吸濕能力等。

殼寡糖分子量小于5000，可阻礙病原菌的生長繁殖，促進蛋白質合成，激活植物細胞，促進植物快速生長。

殼寡糖的許多功能表明，它是寡糖家族的替代品。殼寡糖是寡糖中唯一一種堿性和正電荷的寡糖。這一特點也決定了它是唯一能被腸道吸收并進入血液循環的寡糖，而血液循環到全身各個部位是其發揮許多其他生物功能的基礎。

殼寡糖被腸道吸收的前提是不被消化酶消化。殼寡糖由氨基葡萄糖制成β-1.4-由糖苷鍵連接而成的聚合物，腸道中的消化酶主要作用于α-1.4-糖苷鍵，因此殼寡糖能保持胃腸道結構的完整性。