海藻糖生產目的是為了獲得高純度海藻糖產品以及相關酶產品 。在實驗室和生產上制備海藻糖主要有三種方法：一是從生物細胞中提取；二是采用微生物發酵生產；三是采用微生物發酵提取相關海藻糖合成酶，采用酶法合成海藻糖。
發酵法：由于微生物生長旺、繁殖快，易于培養，采用深層發酵海藻糖具有先天的優越性，利用產海藻糖酵母、細菌等為出發菌株，選育出產海藻糖高產菌株，發酵生產海藻糖，再采用有效分離提取的方法提取和精制。
酶合成法：酶合成法是采用微生物發酵產生并提取相關海藻糖合成酶類，以各類碳水化合物為底物來合成海藻糖。酶的較大缺點是其脆弱性，容易失活，實際生產中使用相關合成酶進行海藻糖生產，要考慮保持酶活性和酶類制劑的成本，可使用酶固定化或細胞固定化技術來保護酶類。
